Eine Querschnittsfunktion verantwortet Themengebiete über mehrere Hauptlinien hindurch, die dort jeweils nicht das Hauptgeschäft sind. Recruiting- und andere Personalfunktionen sind in vielen Unternehmen ein Beispiel dafür. Eine konsequente Implementierung von Querschnittsfunktionen kann aus einer Linien- eine Matrixorganisation machen.